Я - нуб в Linux.
Кратко опишу свои действия:
Я сделал такую "безопасную флэшку" - отформатировал её в CD-ROM и флэш-раздел.
На сидироме - папка TrueCrypt и файлы для автозапуска и монтирования флэш-раздела (его полностью сделал контейнером). То есть поведение флэшки в Windows, практически не отличается от поведения обычной. За исключением того что добавляется CDROM (он кстати загрузочный, там ещё BartPE в котором флэшка тоже автоматически монтируется при запуске) и "только чтение" по умолчанию.
Но хотелось и в Linux так же работать с этой флэшкой.

В ubuntu 9.04, скачал и установил deb (i386) пакет с сайта TrueCrypt. Работает аналогично с Winndows'ким.
Посмотрел куда он какие файлы установил: бинарник, ярлык для него, картинку для ярлыка, текст лицензии и пдф-мануал. Отсутствие каких-либо устанавливаемых библиотек - приободрило.
Скопировал бинарник в другое место, после чего удалил TrueCrypt полностью. Попробовал запустить бинарник, все работало как ни в чем не бывало. При выполнении он, если проверяет свой файл настроек /home/юзер/.TrueCrypt/Configuration.xml и если его нет, то создаёт.
В Windows опять перепрошил флэшку добавив в корень её CDROM линуховый файл truecrypt.
Стал пробовать эту флэшку на разных linux-машинах. На всех современных Linux раздел монтировался.
На Mandrivе не обновляемой с прошлого года, монтировался нормально, (su root) но доступа к разделу из Dolphinа и Nautilusа не было, однако c терминала был полный (чтение/запись,проверял). Со старого-старого слакса лайв сиди не заработало (не подошли его fuse, Xorg и еще какой то один).

Наверное это тупо и коряво, тем не менее работает, и даже комфортно работает.