Доброго времени суток!

Если рассуждать логически, то акронис сможет создать и восстановить раздел, зашифрованный TrueCrypt'ом. У меня богатый опыт работы с акронисом, поэтому примите во внимание следущий факт: свободное место на разделе (допустим, у Вас 320 Гб винт, на нём система, допустим, 20 Гб - следовательно, 300 Гб как бы "свободно") забито не нулями, и, самое главное, акронис не распознает в зашифрованном разделе самой файловой системы (я говорю о FAT/NTFS etc.), и, как следствие, сможет только сделать дамп всего раздела, то есть 320 Гб "случайной" информации, которая практически не поддаётся компрессии. Отсюда следует, что для бэкапа системы (20 Гб) на зашифрованном разделе (320 Гб) Вам потребуется место, приблизительно равное самому разделу (320 - 300 Гб). Это, как Вы и сами понимаете, нецелесообразно.

Я бы сделал так:
1) установка системы
2) установка драйверов
3) установка программ
4) настройка всего, что нужно настроить
5) бэкап акронисом (не буду утверждать, но, по-моему, загрузчик TrueCrypt просто не сможет загрузить систему - так как драйвер дешифрования работает из-под винды - следовательно, от Acronis Secure Zone всё же лучше отказаться, по крайней мере, её загрузчик, на мой взгляд, не будет работать; опять же, я не проверял данный факт, но говорю так потому, что GRUB не дал нормально запуститься загрузчику акрониса, хотя до установки Linux всё работало).
6) TrueCrypt
7) теперь можно работать.
Этот путь удобен ещё и тем, что после восстановления сигнатуры разделов будут разные. Бэкап незашифрованной системы нужно хранить на зашифрованном разделе, либо на DVD в надёжном месте. Также, непременно защитите его паролем. Если бэкап будет храниться на разделе TrueCrypt, то лайв-сиди акрониса не сможет получить к нему доступ, если только раздел не смонтирован на другом компьютере и не расшарен по сети.

Вроде всё. Если есть вопросы - задавайте. А для меня это первый пост на данном форуме и, надеюсь, не последний.