У меня возникла такая же задача, нужно на винте оставить две операционнки: Ubuntu как подставную, и Windows как скрытую.
Уже вторую неделю бьюсь, но решить её так и не смог.
Цель - скрыть присутсвие Windows как таковой на винчестере, открыта только Linux. Поэтому сам механизм Truecrypt по Hidden Operating System не подходит, так как он подразумевает установку двух систем Windows, одну hidden, в скрытом разделе, и одну подставную Windows.
Нашёл решение, когда предлагается поставить три ОС на винчестер, но схема такая же, одна винда остаётся открытой: Windows (Decoy) + Windows (Hidden) + Ubuntu. Подробно расписано http://pynstrom.net/display_tutorial.php?page=tutorials/multi_boot_full_disk_encryption.

А truecrypt под Linux вообще не поддерживает опции Hidden Operating System, как быть - не знаю. Оказалось, задача скрыть присутсвие Винды нетривиальна.

Идеальным вариантом было бы такое решение:
1. поставить Windows
2. поставить Truecrypt под Windows и зашифровать раздел при помощи опции Hidden Operating System, она будет скопирована во второй раздел (D:)
3. минуя этап повторной установки "подставной" Windows в первый раздел (C:)
3. поставить Ubuntu, в третий раздел на неразмеченую область винчестера, используя его файловую систему ext4, но при этом не ставить Grub, а сохранить загрузчик TrueCrypt
4. загрузчик TrueCrupt должен использовать пароль для загрузки подставной системы Ubuntu, а Windows и видно не должно быть, без знания третьего пароля, то есть чтобы раздел винта с Windows выглядел как неразмеченная область с random data...

можно немного иначе.
Без всяких пролей будет грузиться Ubuntu.
Если при загрузке вставили флешку, то высветится запрос пароля. После ввода будет грузиться XP или любая другая Windows.

Краткая инструкция:
1)загружаетесь с диска Ubuntu, с помощью GParted меняете размер диска D.
2) потом загружаетесь в WinXP, шифруете его полностью. При этом создается загрузочный диск.
Его нужно будет переделать в загрузочную флешку.
3) устанавливаете Linux. Он затрет загрузчик TrueCrypt'а и будет грузиться только Linux.
Чтобы попасть в Windows, нужно грузиться с флешки.